Kostenlos gibt es was zum kodieren, aber es ist alles sehr Kryptisch und nicht so "Hübsch" wie das Kommerzielle.
Als Kostenlose Alternative wär das FFMPEG zu nennen, welches auf Unix Tools aufsetzt und so ziemlich alles nach allem konvertieren kann:
http://de.wikipedia.org/wiki/FFmpeg
Ansonsten existieren noch andere schöne Programme die gerade zum Video Kompremieren eigentlich unabdingbar sind:
MpegStreamclip (Gibt es auch neuerdings für Windows):
http://www.squared5.com/svideo/mpeg-streamclip-win.html
(SEHR ZU EMPFEHLEN !)
Damit solltest du auch SEHR gute ergebnisse erzielen können.
Ansonsten gibt es viele gute und kaum eingeschränkte Video Kompressoren für Linux und Macintosh (Mac OS X 10.x), aber auch viele Kommerzielle, die auch sehr gut (und sehr Teuer sind).
Für Windows gibt es viele Tools und welche davon taugen kann ich dir nicht sagen, da unsere Wohnung Windows frei ist und bleibt.